Program Studi Sistem Informasi Institut Teknologi Kalimantan didirikan pada tahun 2015 berdasarkan SK Menteri Riset, Teknologi dan Pendidikan Tinggi No. 65/M/Kp/III/2015. Bersamaan dengan izin penyelenggaraan program studi tersebut, Program Studi Sistem Informasi mulai menerima mahasiswa baru pada tahun 2013 dengan jumlah mahasiswa sebanyak 8 orang. Perkuliahan untuk angkatan pertama ini dilakukan di Program Studi Sistem Informasi Institut Teknologi Sepuluh Nopember (ITS). Pada tahun ajaran 2021/2022 ini, jumlah mahasiswa sudah mencapai 400 orang.  Program studi Sistem Informasi ITK dipimpin oleh koordinator program studi yang mempunyai tugas melaksanakan pengelolaan sumber daya pendukung program studi. Secara lebih rinci, tugas Koordinator Program Studi yang tercantum dalam surat keputusan Rektor adalah memimpin dan mengkoordinasikan kegiatan pendidikan, penelitian, dan pengabdian kepada masyarakat sesuai dengan perundang-undangan yang berlaku. Tata pamong di Institut Teknologi Kalimantan tertuang dalam Statuta ITK tahun 2016 dan OTK ITK Tahun 2015. Sistem dan pelaksanaan tata pamong program studi Sistem Informasi kemudian didasarkan pada OTK ITK yang meliputi prinsip-prinsip kredibilitas, transparansi, akuntabilitas, bertanggungjawab, dan keadilan.